O Conselho Deliberativo é a segunda instância de decisão do MSTTR, composto por diretores(as) da CONTAG e das Federações de Trabalhadores(as) na Agricultura. Tem por finalidade apreciar e deliberar sobre as pautas apresentadas pela diretoria da CONTAG, dentre as quais a aprovação da prestação de contas, previsão orçamentária e plano de ação do MSTTR.