A Diretoria da CONTAG, eleita no Congresso Nacional, é responsável pela coordenação política da entidade, com o papel de fazer cumprir as deliberações congressuais, definir estratégias e articulações que promovam a valorização do MSTTR. A CONTAG está estruturada por Presidência, Vice-Presidência e 10 Secretarias específicas que coordenam as principais frentes de luta do MSTTR.